Es la máxima autoridad de la Federación. Lo componen seis delegados principales de los 15 departamentos donde funcionan los Comités Departamentales de cafeteros. Los delegados son aquellos elegidos en las elecciones cafeteras –cada cuatro años– en diferentes circunscripciones por departamento y por voto directo de los cafeteros federados.

Los miembros del Comité Directivo también asisten al Congreso. De acuerdo con los estatutos tienen voz pero no voto, al igual que el Gerente de la Federación, los Directores Ejecutivos de los Comités Departamentales y los funcionarios o personas que el Congreso estime conveniente.

El Congreso Nacional de Cafeteros se reúne regularmente durante tres días a finales de noviembre o comienzos de diciembre todos los años.

Durante sus sesiones la administración de la Federación presenta sus informes de gestión

Así mismo, el Congreso:

• Estudia los problemas de la caficultura y dicta las medidas que considere adecuadas para su solución.
• Adopta las iniciativas que busquen el mejor desempeño de las instituciones y la organización cafetera.
• Aprueba los presupuestos y políticas de ejecución de los mismos.